En 2118, el 99,9% de la humanidad fue aniquilada por una fuerza alienígena invasora conocida como Draktor. A los supervivientes se les borra la memoria antes de reanudar su vida en refugios fortificados. La humanidad emprende un ataque para recuperar el planeta utilizando robots gigantes conocidos como Rogues de clase Megaton. Yamato Ichidaiji es elegido para pilotar uno de los Rogues, recuperando los recuerdos de la invasión y surgiendo peligrosas preguntas.