Shadowverse Flame cuenta con un nuevo protagonista, Light Tenryu, y su historia se desarrolla en el Colegio Shadovar, un centro que entrena a jugadores profesionales del juego Shadowverse. Light Tenryu, un estudiante transferido, decide unirse a "Seventh Flame", uno de los siete clubes de Shadovar. Sin embargo, el Seventh Flame está a punto de cerrar debido a la falta de miembros. Para evitar la desaparición del club, Light decide buscar nuevos miembros. Pero lo que le espera son poderosos rivales que controlan una gran variedad de cartas...